改编为国防军某某部，地方部队在充实人数、砍削编制后授予国防军正式番号、军旗以及军歌等，不得再拥有任何地方番号，比如什么安徽第一军、浙江第一师、四川第五师之类的番号。原先各种名义的地方部队如巡防营、民团等，经过筛选后一律编入国防军，今后全国只有国防军一支军事力量。一般的社会治安将由地方陆军学堂跟警校毕业的警察负责。这一阶段初步预期为半年到一年，若是有一个强力的政府，将会在更短时间内完成第一阶段。

第二阶段，给予各改编部队一定期限的过渡时期用来提高训练水平和充实装备，所有部队都要达到统一考核标准才能被授予正式番号。在过渡政府时期，各地改编的部队暂且仍由地方发饷。待整编成功，考核通过，一律都由中央发饷，军饷全国统一，不存在任何歧视或照顾。这一阶段是最重要的阶段，在这一阶段里，除了改革军事指挥层面，中央设立国防、部，由总统作为国家海陆军最高统帅亲自任命国防、部长，行使军队统帅权外，还将成立德式的总参谋部，为军队提供军事情报、后勤、计划与人事。其主要任务是在总参谋长领导下，贯彻执行最高统帅和国防、部长的命令、指示，搜集和提供情报，拟定和组织实施战略战役计划和动员计划，指挥并部署协调各军种、军区、战区及各种武装组织的作战行动。有的总参谋部还负责拟定和组织实施武装力量建设计划，掌管军队的组织建设、装备计划以及军事训练、行政管理等事务。蔡锷显然对德式的总参谋体系十分推崇，不过也增加了许多自己的看法，比如他认为总参谋部在和平时期需定期每三个月召开一次会议，除了交流军队的训练跟装备情况外，还需要研究跟制定有关周边各国的军事部署等，这一点很有先见性。除此外，第二阶段也是最重要的一个阶段。蔡锷认为以中国的地大物博，至少需要编练7090个国防正规师，拥有一百二十万下的兵力，才足够防御来自英法日俄四个在陆地同中国接轨的列强国家的觊觎。除此外，还要拨发巨资重建北洋、南洋海军庇护国防。在蔡锷的计划中，这一阶段将持续五年甚至更久，要视国家的财政情况跟中央与地方实力派的强弱而定。

有关编练军队这一点，李汉跟蔡锷之间有些分歧，他主张暂时牺牲海军，以延后十年甚至二十年发展海军，来换取足够的资金建设大陆军，因为一般情况下，一艘之前他曾有意跟美国购买的老旧弗吉尼亚级战列舰，一艘的价值便足够装备一个半的德式陆军师，更好一点的康涅狄格级战列舰一艘

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